有机农业生产体系在使不利影响达到最小的同时，可以向社会提供优质健康的农产品。有机农业生产过程保证拒绝人为投入化学合成的物质，最大限度的减少了各种污染的残留。现代各种肿瘤、心血管、早熟、畸形等疾病，在很大程度上是由于长期食用了高农药残留和重金属残留的农产品，以及大量使用激素、防腐剂、人工合成的食品添加剂和加工助剂而生产的农副食品，经常食用有机食品，可以减少这些原因造成的疾病，现在西方流行的食物疗方法，应用的就是食用有机食品，逐渐减少人体内的毒素积累，起到治疗的效果。

有机农业生产活动有利于生产者的健康，这是因为常规的农业生产中大量使用了高毒甚至剧毒的化学农药，生产者在使用化学农药的时候，由于不了解正确使用的方法，而经常发生农药中毒现象，严重者甚至付出生命。有机农业生产者则避免了这些不利影响。